里昂

后来，儒尼尼奥得到里昂的垂青，但瓦斯科达伽马却因为在合约上与里昂发生纠纷，令儒尼尼奥整整一季也没有上场机会。虽然如此，但儒尼尼奥在该法国俱乐部的第一季就有出众的表现，为里昂赢得俱乐部首个联赛锦标和法国超级杯冠军。

翌年，儒尼尼奥再次为俱乐部赢得“双冠军”—联赛与超级杯冠军，上场31场联赛入13球，为俱乐部最佳射手。2003年至2004年赛季他“再下一城”，协助俱乐部第三度蝉联及再夺超级杯冠军。在该年度的欧联，儒尼尼奥在最后一场对阵凯尔特人的小组赛中，就凭他完场前的点球以3:2险胜，最终取得3分，以10分首名出线十六强，并于十六强的首、次回合各攻进一球，以2:0淘汰西甲的皇家社会，最终里昂不敌当时由穆里尼奥所带领的波尔图。

及后的4个赛季（2005年至2006年赛季—2007年至2008年赛季），儒尼尼奥协助里昂完成七连霸的伟业。个人亦曾在2004年至2005年度赛季，以32场联赛取得13进球成为俱乐部中赛季进球最多的球员，2005年至2006年度赛季又被评选为法甲足球先生。